Omics on AWS

홈페이지, 공식 유저 가이드 AWS HealthOmics는 생물정보학자, 연구원, 과학자와 같은 사용자가 유전체학 및 기타 생물학적 데이터를 저장, 쿼리, 분석 및 분석하여...

참고문서: https://catalog.us-east-1.prod.workshops.aws/workshops/76d4a4ff-fe6f-436a-a1c2-f7ce44bc5d...

참고 문서: https://catalog.us-east-1.prod.workshops.aws/workshops/76d4a4ff-fe6f-436a-a1c2-f7ce44bc5d1...

2025년 5월 22일 현재 dev 버전 branch에서 테스트 되었습니다. 연구 목적이며 반드시 실제 샘플과 시나리오상에서 개별적으로 결과데이터와 파이프라인 검증을 필...

다음 문서는 WDL 워크플로우를 HealthOmics의 Private workflow에 등록하는 내용을 다루고 있습니다. 대상 워크플로우 주소: https://git...

cd aws-healthomics-eventbridge-integration/workflows/vep aws stepfunctions start-execution \ ...

오믹스의 스토리지 컴포넌트는 2개가 있습니다. Reference store Sequence stores 이름에서도 알 수 있듯이 레퍼런스 스토어는 1개만 생성이 ...

AWS HealthOmics variant stores and annotation stores are no longer open to new customers. Existin...

    공식문서 https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/troubleshooting.html   ECR_PERMISSION_...

서비스 Quota와 리전 AWS의 거의 모든 서비스가 그러하듯 HealthOmics에서도 Quota가 존재합니다. 또한 사용 가능한 리전이 현재 제한적입니다. (서울 리...

AWS HealthOmics Run Analyzer 분석 리포트 Run ID: 1910249 | Region: us-east-1 | 분석일: 2026-01-07 1. 워크...

VPC 생성 1. VPC를 생성합니다.    다른 모든 사항은 기본값으로 하여 Name만 지정해주었습니다.   VPC 생성 확인 만들어진 hail...

여기서는 Hail을 VCF to Parquet 목적으로 사용하는 법을 설명합니다. 스크린샷이 첨부된 버전은 여기서 확인할 수 있습니다. 사전 준비 hail...

노트북 셋업 EMR 스튜디오에서 동일한 VPC에 새 스튜디오를 만듭니다. 생성한 스튜디오에 대한 새 작업 공간(노트북)을 생성하면 완료되면 jupyterHub에 대...

스택 준비 AWS CLI credential을 준비하고 터미널에서 적용합니다. export AWS_DEFAULT_REGION="us-east-1" export...

Deploy an EMR cluster on AWS, with Spark, Hail, Zeppelin and Ensembl VEP using CloudFormation s...

이번 세션에서는 특수 목적의 헬스 AI 서비스(AWS HealthOmics, AWS HealthLake, AWS HealthImaging)로 멀티모달 데이터를 저장할 수 ...

  Python으로 Nextflow 작성하기 import os from textwrap import dedent os.makedirs('workflows/nf/sa...

HPP Production Workflows - AWS 구현 전략 보고서 Executive Summary Human Pangenome Reference Consortium...

프로젝트 분석 및 기술 스택 1.1 비즈니스 요구사항 HPP Production Workflows는 Human Pangenome Reference Consortium의 핵...

AWS 아키텍처 전략 2.1 AWS HealthOmics 우선 전략 (권장) 비즈니스 가치: 완전 관리형: 인프라 운영 오버헤드 90% 감소 Genomics 최적화: 생물정...

스토리지 전략 및 성능 최적화 3.1 HealthOmics 스토리지 아키텍처 공유 파일시스템 특성: HealthOmics 런타임 환경: - EFS (Elastic File S...

리소스 요구사항 및 TCO 분석 4.1 워크로드별 리소스 프로파일 Phase 1: Data Processing QC 리소스 요구사항: - CPU: 8-16 cores (NTS...

보안 및 IAM 전략 5.1 HealthOmics IAM 아키텍처 서비스 연결 역할 (Service-Linked Role): { "Version": "2012-10-17"...

모니터링 및 운영 전략 6.1 CloudWatch 메트릭 및 알람 핵심 모니터링 메트릭: HealthOmics 메트릭: - RunDuration: 워크플로우 실행 시간 - T...

구현 로드맵 및 마이그레이션 전략 7.1 4단계 구현 접근법 Phase 1: 기반 인프라 구축 (2-3주) Week 1: AWS 환경 준비 Day 1-2: 계정 설정 및 권한...

도전과제 및 해결방안 8.1 기술적 도전과제 도전과제 1: WDL 워크플로우 호환성 문제 문제 상황: HealthOmics 런 실패 사례 (Run ID: 7924563): O...

모범 사례 및 권장사항 9.1 개발 및 테스트 전략 소규모 테스트 데이터셋 우선 접근: 권장 테스트 데이터 크기: - 개발 단계: 1-5GB (빠른 반복) - 통합 테스트: ...

FAQ 및 결론 10.1 자주 묻는 질문 (FAQ) Q1: HealthOmics와 AWS Batch 중 어떤 것을 선택해야 하나요? A: 다음 기준에 따라 선택하시기 바랍니다...

HPP Production Workflows - 실전 트러블슈팅 가이드 개요 본 문서는 HPP Production Workflows를 AWS HealthOmics에서 실행할 ...